Samorządy studenckie jako formalne, ustawowe zrzeszenia osób studiujących w dalej uczelni funkcjonują nieprzerwanie od wejścia w życie ustawy z dnia 12 września 1990 r. o szkolnictwie wyższym. Było to stosunkowo szybko po jej uchwaleniu, ponieważ ustawa przewidywała wejście w życie z chwilą ogłoszenia (którego dokonano 27 września 1990 r.). Przed tą datą funkcjonowały raczej jako nieformalne zrzeszenia, aczkolwiek nadal oparte na zasadach reprezentacji i demokratycznego wyboru przedstawicieli.

Przewodniczącymi Samorządu Studentów Uniwersytetu Jagiellońskiego (kolejno od 1990 roku) byli:

• Grzegorz Murzański (1990–1991),
• Ryszard Kowalski (1991–1993),
• Witold Borowski (1993–1995),
• Jarosław Brożek (1995–1997),
• Miłosz Horodyski (1997–1999),
• Krzysztof Wołos (1999–2001),
• Maciej Miś (2001–2003),
• Piotr Wroński (2003–2005),
• Adrian Jasik (2005–2007),
• Jakub Tęsiorowski (2007–2008),
• Adam Ryś (2008–2009),
• Jakub Jasiński (2009–2011),
• Dawid Kolenda (2011–2013, 2013–2015),
• Patrycja Piłat (2015–2017),
• Jakub Bakonyi (2017–2019),
• Marcelina Kościołek (2019–2021),
• Katarzyna Jedlińska (2021–2023),
• Magdalena Herman (2023–2025),
• Michał Oronowicz (2025–).